ד"ר שפיר משמש כפסיכיאטר בכיר במרפאת הילדים והנוער במרכז לבריאות הנפש "גהה", בשירות הפסיכולוגי בראש העין, ובארגון "אלאור" לילדים ומבוגרים עם צרכים מיוחדים (PDD אוטיזם). בעל מינוי אקדמי של מדריך קליני באוניברסיטת ת"א. מרצה ומדריך לרופאים, מתמחים, צוות סיעודי, רוקחים ועוד.